Enkhuizen is ontstaan uit twee kerkdorpen, Gommerskerspel (rondom de huidige Westerkerk) en Enkhuizen (nabij de huidige Zuiderkerk).
Het oorspronkelijke Enkhuizen ligt nu in het IJsselmeer. Rond 1300 moesten de bewoners een plek zoeken binnen de West-Friese Omringdijk omdat ze last kregen van de oprukkende Zuiderzee. De twee dorpen kwamen daardoor zo dicht bij elkaar te liggen dat ze in 1356 één stadsrecht kregen. Het boek aan het balkon van het stadhuis herinnert aan deze gebeurtenis.

Enkhuizen wordt ook wel de haringstad genoemd. Zij dankt de bijnaam aan de enorme vlucht van de haringvisserij in de 15e en 16e eeuw. Het stadswapen bevat dan ook drie haringen.

Uiteraard leefde de stad niet alleen van de haringvangst. Ook de scheepvaart op allerlei Europese landen, van de Oostzee tot de Middellandse zee, leverde een grote bijdrage aan de welvaart in de stad. Vanaf 1602 voeren er zelfs VOC-schepen vanuit Enkhuizen naar Indië.
De bevolking explodeerde en rond 1600 werd het dan ook noodzakelijk de stad sterk uit te breiden. In het zuiden, oosten en noorden van de stad werden nieuwe havens gegraven die het toenemende aantal schepen een veilige ligplaats moesten geven. De middeleeuwse stadsmuur werd gesloopt en de Vest werd aangelegd, waardoor er in het noorden en westen van de stad ruimte ontstond voor woonhuizen.

Verzandende havens, dalende haringvangsten, de Engelse Oorlogen die de vloot ernstige schade berokkenden en de definitieve opkomst van Amsterdam als leidende stad in Holland zorgden ervoor dat de stad na 1650 in een langzame maar gestage neerwaartse spiraal terechtkwam.

Na een periode van stagnatie volgde in de achttiende en negentiende eeuw zelfs een periode van achteruitgang. Vooral het nieuwe zeventiende eeuwse gedeelte, nu de Boerenhoek genoemd, raakte ontvolkt, de huizen werden gesloopt en de havens in het zuiden en noorden van de stad werden gedempt.

Vanaf het midden van de negentiende eeuw kwam de tijd van armoede tot stilstand. Inmiddels was het inwonertal van 23.000 inwoners rond 1620 gezakt naar een kleine 5.000.

Grote verbetering van de economische toestand en verbetering van de werkgelegenheid kwam door de opkomst van de agrarische sector. Daarvoor waren de gebroeders Sluis en Groot van belang. Zij zijn de grondleggers geweest voor de zaadbedrijven en de multinationals die hieruit zijn voortgekomen.

De aanleg van de spoorlijn naar Amsterdam en het spoorveer naar Friesland zorgde ervoor dat Enkhuizen weer aansluiting kreeg met het achterland, demoderne tijd was aangebroken.